در ضلع شرقي ميدان امام (نقش جهان) مسجدي قراردارد كه در زمان شاه عباس اول صفوي ، هنگام احداث ميدان و همراه با بناهاي اطراف آن به منظور محل عبادت و حوزه تدريس مرحوم شيخ لطف اله ، كه از علما و روحانيون بزرگ جبل عامل در لبنان بوده ، ساخته شده است . ساختمان مسجد در سال 1011 هـ .ق آغاز و در سال 1028 به پايان رسيده است . اين مسجد داراي يك شبستان زيرزميني است كه كف گنبدخانه را از سطح زمين بالاتر قرارداده است . به خاطر استفاده هاي خاص علمي ـ مذهبي از اين مسجد ، نيازي به احداث حياط و مناره نبوده است . گنبد بر روي هشت طاق جناغي قرار گرفته و لبه اين طاقها با كاشيهاي پيچ به رنگ فيروزه ، تزئين يافته است .
سطوح داخلي به ويژه محراب مسحد شيخ لطف اله از شاه كارهاي بي نظير هنر كاشي كاري هفت رنگ و معرق است. در محراب دو كتيبه وجود دارد كه عبارت ذيل بر آنها نوشته شده است : عمل فقيرحقير محتاج به رحمه خدا محمد رضا بن استاد حسين بنا اصفهاني .
اين نوشته مبين آن است كه استادان و هنرمندان و سازندگان بناهاي آن زمان در مقابل قدرت جان آفرين تسليم فرود آورده و هرگز نخوت و تكبر به وجودشان راه نيافته است .